Stromatoliti su u najstariji fosilni ostatci okamine cijanobakterija koje su oblika polukugle. Slojevite su strukture koje su formirane u plitkoj vodi tako što su biofilmovi mikroorganizama, posebno cijanobakterija (poznatiji su pod nazivom plavo-zelene alge) nahvatali, vezali i cementirali sedimentna zrnca. Oni sadrže i neke od najstarijih tragova o životu na Zemlji. Fosilizirani kameni sadrže ostatke života od prije 3,5 miljardi godina. No samo neki od drevnih kristala stromatolita uistinu sadrže fosilizirane mikrobe. Dok osobine nekih stromatolita sugeriraju biološku aktivnost, drugi imaju osobine koje se prije daju objasniti abiotskim padalinama. Pronalaženje načina da se poudzano raščlane minerali stromatolita na biološke i ne-biološke odnosno “abiotskog” porijekla predstavlja aktivnu oblast istraživanja današnje geologije. Naziv potiče od starogrčkih riječi “strōma” koje znače podloga, krevet ili sloj te riječi “lithos” koja znači stijena.
Današnja nalazišta uglavnom su smještena uz hiperslana jezera i morske lagune gdje su zbog ekstremnih uvjeta i visokog postotka slaniteta, onemogućene ispaše životinja. Jedna od takvih lokacija je Hamelin Pool Marine Nature Reserve, Shark Bay u Zapadnoj Australiji gdje je uočeni izvrsni primjerci. Druga je Lagoa Salgada (“Slana Jezero”), u brazilskoj saveznoj državi Rio Grande do Norte. Nalaze se i u slanim vodama u Cuatro Ciénegas, jedinstvenom ekosustavu u meksičkoj pustinji, te na jezerima Alchichica i Maar. Poznato je i otvoreno morsko nalazište Exuma cays na Bahamima. U 2010. godine dr. Min Chen otkrio je petu vrstu klorofila u Stromatolitima u nalazištu Shark Bay.
Veliko slatkovodno nalazište je u Meksiku, Laguna Bacalar na jugu poluotoka Yucatan u državi Quintana Roo, koje se prostire na površini od preko 10 km2. Malo dalje prema jugu, u Chetumal Bay u Belizeu, južno od ušća Rio Hondo, proteže se greben duljine od 1,5 km. Slatkovodni Stromatoliti nalaze se u jezeru Salda na jugu Turske. Tamošnje vode bogate su magnezijem, a strukture su izrađene od hidromagnezita.
Poznati su lokaliteti u Kanadi, British Columbia, na jezerima Pavilion i Kelly Lake. Na Pavilionu su najveći poznati slatkovodni Stromatoliti koje je istraživala NASA uz brojna sveučilišta iz cijelog svijeta. Surađuju na projektu usmjerenog na proučavanju mikrobiotičkog života u jezerima. Projekt nazvan “Pavilion Lake Research Project” (PLRP) ima za cilj proučiti uvjete na dnu jezera i razviti bolju hipotezu o tome kako okolišni čimbenici utječu na mikrobiotički život. Krajnji cilj projekta je da se otkrije veća vjerojatnost postojana života i na drugim planetama. U ovaj znanstveni projekt mogu se uključiti svi građani te pomoći dodavanjem i sortiranjem tisuća fotografija s dna jezera dna. Vrlo rijetka vrsta ne-biološkog stromatolita pronađena je špilji Nottle Cave (u sklopu Jenolan Cave) u australskoj državi New South Walles. Tu Cijanobakterije žive na površini vapnenca, a počivaju na vodi bogatoj Kalcijem, što im omogućava rast prema otvorima špilje kroz koje dolazi svjetlo. Stromatoliti sa sastojkom Kalcija pronađeni su na dnu Blue Lakea, blizu uspavanog vulkana Mount Gambier na jugoistoku Australije.